V souvislosti se začleněním činnosti ústavu do struktur Ministerstva kultury v roce 1991 došlo k rozšíření dosavadní odborné činnosti o celostátní výzkumné úkoly financované z prostředků výzkumu a vývoje. Do roku 1995 byly úkoly výzkumu a vývoje formulovány jako samostatné dílčí úkoly. Ze starších projektů je pak třeba zmínit dlouhodobé studium masopustních obyčejů, realizovaný Josefem Tomešem a výzkum novokřtěneckých fajánsí, jemuž se věnoval Jiří Pajer. V letech 1996 - 1998 se výzkumný záměr nazýval "Sběr, dokumentace a různé formy vědeckého zpracování dokladů o tradiční a lidové kultuře". Na tento projekt navázaly dva projekty: "Výzkum jevů hmotného a nehmotného kulturního dědictví v oboru tradiční lidová kultura a folklor" v letech 1999 – 2003 a „Proměny tradiční lidové kultury a její vazby na hmotné a nehmotné dědictví lidstva“ v letech 2004 – 2010. Jednalo se o různé formy vědeckého zpracování, ochrany, uchování a prezentace jevů tradiční lidové kultury – kulturního dědictví, tradiční lidové kultury a folkloru, lidového tance, písně, hudby, lidových obyčejů, obřadů a zvyků, lidových řemesel, technologií lidové umělecké výroby, folklorismu, zásad muzejní práce apod. Na realizované výzkumné úkoly navázal od roku 2011 systém institucionální podpory výzkumné organizace, později dlouhodobý koncepční rozvoj výzkumné organizace. Kromě toho získal ústav ve veřejné soutěži NAKI I. podporu pro dva projekty realizované v letech 2011–2015, jeden projekt podpořený v rámci výzvy NAKI II. a realizovaný v letech 2018–2022 a aktuálně též projekt v rámci programu NAKI III. na léta 2023–2027. V rámci veřejné soutěže vyhlášené Grantovou agenturou ČR pak získal ústav podporu pro realizaci dvou projektů v letech 2018–2020 a 2021-2023.
Z dosud realizované výzkumné činnosti NÚLK vznikla celá řada významných výstupů, které mají povahu základního i aplikovaného výzkumu. Jednalo se zejména o publikační, dokumentační, expoziční výstupy, digitalizaci fondů, mapy s odborným obsahem, certifikované metodiky, památkový postup ad.
Koncepční záměr výzkumné organizace na období 2016—2022
Dlouhodobá koncepce rozvoje výzkumné organizace na léta 2019-2023
Hliněná omítka (lepenice) na dřevěné konstrukci tradičních staveb: příprava, aplikace, údržba(*.pdf)
Metodika Konstrukce hliněné podlahy (*.pdf)
Metodika Konstrukce hliněného mlatu (*.pdf)
Certifikát Ověřené metodiky
Konstrukce nabíjeného monolitického hliněného zdiva (*.pdf)