Vedle ryze českého rázu Národopisné výstavy českoslovanské byla vládě trnem v oku ta okolnost, že Národopisná výstava českoslovanská má býti manifestačním podnikem celého národa českoslovanského bez rozdílu. Při jubile ní výstavě byly Morava, Slezsko a tím spíše uherské Slovensko úplně vyloučeny: ta měla býti a do jisté míry i byla výstavou Čechův a Němců z Čech. Tentokráte však uspořádati si chtěl podobně velikou výstavu veškeren národ česko-slovanský bez zřetele k dělícím jej zemským hranicím a bez zřetele k Němcům. Tato okolnost, zvláště ale případné účastenství Slovákův uherských, jakož i předvídaná možnost návštěv z jiných zemí slovanských znepokojovaly také vládu v Budapešti, odkud hned při první zmnce o spolupůsobení Slováků spuštěna byla proti výstavě hrubá střelba.

Nepřízeň vlády k výstavě jevila se také četnými pokyny, jakých se dostalo učitelstvu středních škol, aby se neúčastnilo prací pro výstavu. V jednom městě českém povstal z podobného pokynu takový respekt, že zástupci výkonného výboru Národopisné výstavy českoslovanské nechtěl tam později nikdo ani otevříti městské museum, aby do něho se podíval, ačkoliv několik měsíců před tím ochotně slibovali, že celé museum jest Národopisné výstavě českoslovanské k disposici! Následkem nepřízně vlády utuchla i na některých jiných místech dřívější horlivost v práci. Výstavní loterie byla od vlády obmezena s 500.000 losů na pouhých 200.000 losů, z ústavů a sbírek ve správě vládní neb aspoň pod její vlivem se nalézajících nesmělo se ani stéblo půjčiti do Národopisné výstavy českoslovanské a do kruhu úřadnických vydáno heslo, že žádný jednotlivec ve službě vlády stojící nemá se súčastnit výstavy předměty jemu i patřícími . . .

Vláda svým nepříznivým chováním ke kulturnímu podniku — jenž později v prvním orgánu vlády vídeňské ve »Wiener Zeitungu« nazván byl »velkolepým, bohatství a podnětův plným podnikem« — nedocílila účinku přímého. Nedobrý, nepřímý účinek se však dostavil: jednání vlády vzbudilo v širších kruzích nedůvěru a bázeň, že při takových překážkách Národopisná výstava českoslovanská nebude moci se uskutečniti. Nedůvěra propukala i u těch, kdož výstavě jinak přáli — a byla ochotně šířena těmi, kdož byli proti výstavě, a to způsobem až povážlivým, když bývalý místopředseda výkonného výboru architekt Jan Zeyer vystoupil v srpnu roku 1894 proti provedení výstavy »Zaslánem« — které, s patrnou tendencí ukazovalo, že provedení Národopisné výstavy českoslovanské v době výminečného stavu a po onom prohlášení vlády jest nemožno. »Zasláno« bylo posledním dozvukem věci, která také po delší dobu silně ochromovala postup prací ve výkonném výboru.

Když měl český sněm r. 1893 jednati o žádosti za subvenci pro Národopisnou výstavu českoslovanskou, bylo třeba povšechného plánu výstavy. V podstatě šlo jen o rozvržení dolejší části výstaviště, poněvadž hlavní budovy zemské jubilejní výstavy, které zůstaly na hořejším výstavišti státi, řešily plán této části výstaviště samy sebou. Provedení plánu vzali na se v lednu 1893 místopředseda architekt Jan Zeyer a jednatel dr. Em. Kovář. Dr. Kovář měl naznačiti, které budovy by se měly stavět a J. Zeyer měl podati povšechný plán. Tak stalo se skutečně. Ale když byl plán hotov, požádal místopředseda a architekt J. Zeyer, aby za vypracování plánu a za přenechání práva reprodukce vyplacena a zajištěna mu byla tato odměna: 1. honorář 2000 zl., 2. povšechný dozor nade všemi stavbami výstavy za honorář 4000 zl., 3. dozor nad hotovením skříní s honorářem 600 zl. a konečně 4. odměna 3% celého nákladu za největších pět budov výstavy, které by sám si vyvolil ku projektování. Výbor vyplatil v první chvíli z nepatrné sumy tehda složených příspěvků za plán výstavy p. Zeyerovi 1000 zl. Poněvadž ale nemohl uznati ostatní požadavky svého vynikajícího funkcionáře, došlo ku vnitřním dlouho se vlekoucím nemilým nesnázím. Docházelo již k tomu, že nejobětavější pracovníci, ano i celý stavební výbor chtěli se zříci veškeré další činnosti pro výstavu. I byla posléze celá věc ukončena tím, že užší stavební výbor převzal na se vypracování povšechného plánu i s dozorem na budovy a skříně zcela bezplatně a že jednomyslným dohodnutím celého výkonného a celého hlavního výboru zvolen jest na místo arch. Zeyera místopředsedou prof. dr. Ot. Hostinský. Volba tato potkala se v celé veřejnosti s jednomyslným souhlasem.

Po nějaké době nastalého ticha překvapena byla veřejnost — ve které výkonný výbor o celé nemilé vnitřní záležitosti ani slovem se nezmínil — vzpomenutým »Zaslánem« bývalého místopředsedy, kteréž pochopitelným způsobem vzbudilo takovou nedůvěru k výstavě, že hlavní výbor byl nucen vydati dne 12. září 1894 zvláštní prohlášení ve všech časopisech, že »každým způsobem Národopisná výstava českoslovanská roku 1895 v Praze konati se bude; neboť není žádného platného důvodu k odročení, tím méně pak k úplnému zanechání díla šťastně započatého a daleko již dospělého. Neohlížejme se« — pravilo dále provolání, »po okamžité větší nebo menší přízni, již Národopisné výstavě českoslovanské věnují kruhy v ní nezúčastněné, nýbrž vytrvejme svorně při velikém kulturním podniku národním v pevné důvěře, že nade všemi pochybnostmi, nade vší nepřízní dokonale zvítězí v příštím letě plný zdar a důstojný průběh Národopisné výstavy českoslovanské samotné, k němuž každý nechť přispěje dle sil svých a dle povolání svého!«

Teprve tímto určitým, veškeru pochybnost vylučujícím prohlášením výboru a určitým vystoupením jeho na sjezdu Svatováclavském zaplašeny byly u veřejnosti všechny mraky nedůvěry. A když konečně na podzim počalo se na výstavišti pracovati a stavěti, dostavila se konečně v celém národě absolutní důvěra, že k výstavě na jisto dojde.

Ale takořka v poslední chvíli vystoupil ještě jeden a to velice hrozivý mrak Při poslední revisi programu r. 1894 bylo usneseno, že se má na výstavě zobraziti život dělnického lidu, zvláště továrního. Výbor přikročil chutě ku provádění tohoto usnesení a po několika poradních schůzích dělnictva zvolen byl zvláštní dělnický odbor, který s velikou horlivostí práce se ujal. Bylo při tom neobyčejně zajímavo pozorovati, s jakou inteligencí, parlamentární přesností a nezištnou obětavostí vedlo sobě dělnictvo při celém jednání, v němž se účastnily všechny jeho frakce od strany socialně demokratické až do dělníků katolických. I tu docíleno — neočekávané skoro — jednoty v záležitosti Národopisné výstavy českoslovanské tak jako v celém ostatním národě.